اثرات زیانبار دماهای بالا به صور مختلفی از جمله عدم استحکام ساقه ، کاهش اندازه گل، تأخیر گلدهی و حتی مرگ جوانه نمایان می شود . حتی زمانی که درجه حرارت بیرون کمتر از درجه حرارت داخل سیستم گلخانه است ، جذب گرمای خورشید دمای گلخانه را تا حد زیانباری افزایش می دهد . از طرفی دما و رطوبت بالا و عدم تهویه مناسب در محیط گلخانه محیط بسیار مساعدی را جهت رشد و نمو قارچهای بیماریزا فراهم می‌آورد . در گلخانه ها عمل تهویه برای تأمین سه منظور اصلی یعنی کاهش درجه حرارت ، تأمین گاز کربنیک و تنظیم رطوبت نسبی انجام می شود . سرعت جابجایی هوا بر حسب فوت مکعب هوا در دقیقه و یا متر مکعب هوا در دقیقه اندازه گیری می شود . ضرورت انجام عمل تهویه برای کاهش درجه حرارت به جهت جلوگیری از کاهش رشد و بازدهی بوته ها است . زیرا افزایش و تجاوز درجه حرارت از دامنه 35-30 درجه سانتیگراد به تدریج و به طور محسوسی باعث سقط گلها و خیارهای جوان می شود. از طرف دیگر از باب ضرورت تزریق گاز کربنی که در محیطگلخانه، در بعضی شرایط که این عمل میسر نباشد، آسانترین روش برای افزایش فتوسنتز و تولید در طی روزهای آفتابی در انجام عمل تهویه و جایگزینی گاز کربنیکمی باشد که حتی افزایش غلظت این گاز تا 4 الی 5 برابر میزان عادی زودرسی و میزان کل محصول خیار را به طور قابل ملاحظه ای افزایش می دهد. البته به شرطی که نور مناسب در محیط وجود داشته باشد.
نکته مهم در انجام عمل تهویه این است که توانایی هوا برای کاستن از گرمای خورشید در گلخانه ها همیشه به وزن هوا مرتبط بوده و به حجم هوا بستگی ندارد. بنابراین در مناطقی که ارتفاع آنها بالاتر از سطح دریا قرار می گیرد به جهت رفت هوا در مقایسه با ارتفاعات پایین تر حجم بزرگتری از هوا بایستی از میان گلخانه جابجا شود تا اثر خنک کنندگی معادل ارتفاعات پایین بدست آید. از طرف دیگر سرعت جابجایی هوا به شدت نور داخل گلخانه نیز بستگی دارد. با افزایش شدت نور گرمای حاصل از انرژی خورشید افزایش یافته و در نتیجه سرعت خروج هوا از گلخانه بایستی افزایش یابد.
امروزه در گلخانه ها بیشتر از جریان طبیعی هوا از طریق پنجره های جانبی و سقفی عمل تهویه صورت می گیرد که این امر به منظور کاهش هزینه هاست . با توجه به این که در گلخانه های کوانست هوای گرم بدلیل وزن مخصوص کمتر در بالا و طرفین یالهای گلخانه واقع می شود بنابراین با نصب دریچه های جانبی و سقفی که به صورت دستی و یا برقی (متصل به سنسور حرارتی گلخانه) باز و بسته می شود ، تهویه مطلوب انجام پذیر است . استفاده از فن های مکنده نیز یکی دیگر از راههایتهویه سریع گلخانه ها است . مبنایمحاسبه فن گلخانه جابه جایی کل هوای گلخانه در هر دقیقه می باشد.
یک سیستم دیگر تهویه محیط که به نام لوله و فن مشهور است، از یک دستگاه فن مکنده در یک طرف گلخانه، یک ورودی کرکره ای شکل، یک دستگاه فن ایجاد کننده فشار، ترموستات کنترل کننده و در نهایت پلاستیک پلی اتیلنی که به صورت رول که در طول گلخانه امتداد می یابد، تشکیل شده است. اساس کار بدین صورت است که در زمان نیاز به تهویه گلخانه ترموستات، فن مکنده را به کار انداخته و همزمان کرکره ورودی در طرف دیگر گلخانه بازشده و با ورود هوای بیرون به داخل لوله پلی اتیلن و فعال شدن فن ایجاد کننده فشار، هوای تازه داخل لوله به شدت به جریان درآمده و از سوراخ های ایجاد شده در لوله به داخل محیط گلخانه فوران می کند و ضمن مخلوط شدن با هوای گرم محیط را خنک می کند.
